Уже в начале XII в., избегая гонений, богомилы начали переселяться на север Балкан, а их проповедники направились в Далмацию, Францию, Италию. При этом в некоторых странах богомильство на время приобретало статус государственной религии, как, например, в Болгарии (первая половина ХШ в.) или в Боснии при бане Кулине (1180–1214 гг.). Однако в XIV в. секта теряет влияние, а после завоевания Болгарии и Боснии османами (1393 г.) большинство богомилов принимает ислам.
Теперь мы кратко проследим судьбу богомильства на Западе. Отметим, что в Юго-Восточной Европе некоторые представления богомилов нашли отражение в апокрифической литературе и фольклоре. В средние века многие восточноевропейские апокрифы ошибочно приписывались богомильскому пастырю Иеремии. К примеру, апокриф "Крестное Древо" трактует широко известную в средневековой Европе тему, восходящую к гностическому "Евангелию от Никодима", а сюжет апокрифа под названием "Как Христос сделался пастырем" был издавна знаком грекам. Однако богомилы привнесли в старинные тексты черты дуализма. Старославянский вариант апокрифа — "Сказание о Крестном Древе" — начинается следующими словами: "Когда Бог сотворил мир, существовали только Он и Сатанаиил…" Мы уже знаем (§ 251), что подобные космогонические представления не редкость, но в апокрифической литературе, распространенной среди славян и в Юго-Восточной Европе, особо подчеркивается роль дьявола. Следуя традиции некоторых гностических сект, богомилы акцентировали дуализм, преувеличивая значение дьявола в мироздании.
Так, в апокрифе "Адам и Ева" Адам заключает «договор» с Сатаной, сотворившим Землю, согласно которому люди предаются во власть последнему вплоть до воплощения Христа. Этот мотив находит отголоски в балканском фольклоре.
Методику переосмысления апокрифов богомилами можно проследить в тексте "Interrogatio Iohannis", единственном аутентичном богомильском сочинении, переведенном на латынь южнофранцузскими инквизиторами. Христос отвечает на вопросы Евангелиста Иоанна о сотворении мира, низвержении Сатаны, вознесении Еноха и Крестном Древе.
