Эрфурте. Несмотря на возражения отца, Мартин не отказался от своего намерения. Рукоположенный в апреле 1507 г., Лютер преподает моральную философию в Эрфуртском и Виттенбергском университетах. В ноябре 1510 г., посетив Рим, он был поражен упадком церкви. Два года спустя, получив степень доктора богословия, Лютер занял кафедру экзегетики в Виттенберге и начал свой преподавательский курс толкованием Книги Бытия.
Однако постоянные размышления о гневе и правде Бога-Отца, ветхозаветного Яхве, тревожили его религиозное чувство. Только в 1513 г. или 1514 г. Лютер постиг истинный смысл понятия "правда Господня": лишь вера служит оправданию человека, искупленного от грехов страданиями Христа. Формула Апостола Павла "утешиться верою" (Рим 1:12) стала основой теологии Лютера. "Я почувствовал себя заново рожденным, — признавался он позже, — словно предо мной распахнулись райские врата". Размышляя о "Послании к Римлянам", которое он считал "важнейшим сочинением Нового Завета", Лютер осознал невозможность стяжать спасение (т. е. правду Господню) посредством добрых дел; человек спасется исключительно верой в Христа. Спасение души, как и вера, — дары Божьей благодати. Он совершил это открытие в 1515 г., читая университетский курс, трактующий, по определению Лютера, "богословие Креста".
Начало своей реформаторской деятельности Лютер положил 31 октября 1517 г., прибив к воротам замковой церкви в Виттенберге 95 тезисов против индульгенций, в которых перечислил заблуждения римской церкви в области как теологии, так и богослужебной обрядности. В апреле 1518 г. Лютер направил почтительное послание Папе Льву X, в ответ на которое ему было предписано явиться в Рим для покаяния. Однако Лютер обратился к саксонскому курфюрсту Фридриху Мудрому с просьбой позволить ему ответить на предъявленные обвинения, не покидая Германии. В октябре 1518 г. в Аугсбурге кардинал Каэтан потребовал от Лютера отречься от своих взглядов, на что августинец ответил отказом, поскольку, подобно многим богословам и священникам, не находил никаких догматических оправданий индульгенциям. В последующие месяцы конфликт углубляется. В 1519 г. в Лейпциге Лютер выступил против всевластия Рима, отстаивая приоритет Священного Писания над папской властью. Ответ последовал в июне 1520 г. Папская булла "Exsurge Domini" предписывала Лютеру покаяться в двухмесячный срок под угрозой отлучения от церкви. Реформатор публично сжег буллу и ответил на нее четырьмя трактатами, которые относятся к числу самых значительных и блестящих его сочинений. В послании "К христианскому дворянству немецкой нации" (август 1520 г.) он отвергает верховенство Папы над Соборами, преимущество священников над мирянами, а также исключительное право духовенства на изучение Библии. Последний тезис он обосновывал тем, что таинство крещения уравнивает мирянина со священником. Спустя два месяца Лютер обнародовал "Вступление к вавилонскому пленению Церкви", в котором подверг резкой критике духовенство, а также злоупотребление таинствами. Из всех таинств Лютер признавал лишь три: крещение, причастие, а также, первоначально, и таинство исповеди, которое впоследствии отверг. Покровительство Саксонского курфюрста позволило Лютеру укрыться в замке Вартбург (1521) и лишь год спустя возвратиться в Виттенберг.